Le microbiote et les pathologies intestinales

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Une rupture technologique considérable ces dernières années a permis des progrès énormes dans la description du microbiote digestif, c'est-à-dire du monde microbien vivant dans notre intestin. Ces progrès de biologie moléculaire autorisent une description de plus en plus précise des divers micro-organismes occupant les diverses niches du tractus digestif, d'en comprendre la physiologie et d'aborder la physiopathologie. Il s’en suit une véritable explosion de données scientifiques sur les perturbations de l’écologie intestinale allant désormais bien au-delà des diarrhées infectieuses.

Les premières maladies qui ont fait l'objet d'études ont été les maladies inflammatoires chroniques de l'intestin pour lesquelles il était suspecté depuis longtemps que des facteurs microbiens pourraient jouer un rôle.

Parallèlement aux découvertes microbiologiques, les généticiens s'intéressant aux gènes humains ont mis en évidence que des mutations de récepteurs percevant des signaux microbiens dans l'intestin notamment Nod2 étaient associés au risque de maladie de Crohn. Une dysbiose (déséquilibre microbien) est observée au cours de la maladie de Crohn et une autre au cours de la rectocolite hémorragique avec une instabilité de l'écosystème, la diminution de bactéries habituellement dominantes chez le sujet sain et aux fonctions anti-inflammatoires protectrices et, au contraire, l'émergence plus fréquente bien qu'inconstante de bactéries à potentiel pathogène comme des E.coli ou des mycobactéries.

Dans ces maladies, l’idée principale est que le microbiote module l’inflammation, certaines bactéries étant pro-inflammatoires (ce qui est connu depuis longtemps) et d’autres anti-inflammatoires (fait désormais certain mais établi depuis peu).

On comprend de mieux en mieux comment des épisodes de diarrhée infectieuse peuvent perturber le microbiote mais également comment certains micro-organismes peuvent s'opposer aux pouvoirs de bactéries pathogènes et tout particulièrement des micro-organismes probiotiques. Les récepteurs et cibles cellulaires et tissulaires sont de mieux en mieux connus.

Chez les patients atteints de MICI (maladies inflammatoires chroniques de l’intestin, regroupant la maladie de Crohn et la recto-colite hémorragique), il existe donc un déséquilibre entre groupes de bactéries (dysbiose), notamment entre Firmicutes et Bactéroidetes (cf. tableau).

Rapport Firmicutes/Bactéroidetes du microbiote en fonction des individus

Certaines bactéries, potentiellement pro-inflammatoires (tels que Escherichia coli ou Listeria monocytogenes) sont présentes en grandes quantités au détriment de bactéries protectrices, telles que certaines de la famille des Firmicutes. Les zones du tube digestif les plus touchées par les MICI sont aussi celles concentrant de fortes quantités de bactéries.

Enfin, il semblerait qu’une trop faible proportion de Faecalibacterium prausnitzii augmente le risque de récidive précoce. Sur des modèles animaux, l’inflammation intestinale a pu être largement réduite en administrant cette bactérie ou des molécules qu’elle sécrète. Certains genres (Bifidobacterium, Lactobaccilus) ont aussi permis de rétablir la perméabilité et la sensibilité digestive. Là encore, la modulation de la flore pourrait permettre de traiter l’inflammation et la douleur, et d’envisager des traitements préventifs et curatifs.

Dans la situation fréquente et hétérogène de l'intestin irritable, une dysbiose est également observée : il peut s’agir d’une colonisation inhabituellement importante de l’intestin grêle, ou d'autres cas, ce sont les bactéries responsables de la production de sulfures dans le côlon qui sont perturbées. De manière intéressante, la baisse de certaines bactéries protectrices est là aussi observée, ce qui laisse espérer que l’administration de ces bactéries ou de facteurs favorables à leur développement puisse constituer une solution thérapeutique. Dans ces maladies, l’idée principale est que le microbiote module la douleur viscérale, la motricité digestive, les sécrétions et l’axe cerveau- intestin.

Le rôle de micro-organismes dans la cancérogénèse gastrique, intestinale et colique a lui aussi beaucoup progressé...

Références

  1. Marteau P. Le microbiote intestinal. Encyclopédie médico-chirurgicale, traité EMC Gastro-entérologie, 2012.
  2. Simrén M, Barbara G, Flint HJ, Spiegel BM, Spiller RC, Vanner S, et al. Intestinal microbiota in functional bowel disorders: a Rome foundation report. Gut. 2012
  3. Sobhani I, Tap J, Roudot-Thoraval F, Roperch JP, Letulle S, Langella P, et al. Microbial dysbiosis in colorectal cancer (CRC) patients. PLoS One. 2011;6(1):e16393
  4. Guarner F, Khan AG, Garisch J, Eliakim R, Gangl A, Thomson A, et al. World gastroenterology organisation global guidelines: probiotics and prebiotics october 2011. J Clin Gastroenterol. 2012;46:468-81.
  5. Marteau P, Seksik P. Tolerance of probiotics and prebiotics. J Clin Gastroenterol. 2004;38(6 Suppl):S67-9.

(Pr Philippe Marteau, Université Paris Diderot, Sorbonne Paris Cité & AP-HP, Hôpital Lariboisière, Paris - Journée Annuelle Benjamin Delessert (JABD) - Vendredi 1er février 2013, CNIT Paris-La-défense)

SOURCE : Institut Benjamin Delessert

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