La maladie de Crohn liée à une réduction de la diversité de la flore intestinale

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Une équipe de chercheurs de l'INRA a mis en évidence chez les personnes atteintes de la maladie de Crohn (maladie inflammatoire chronique de l'intestin, de cause incertaine) une réduction de la complexité de la population des bactéries composant la flore intestinale.

Les chercheurs ont pu étudier la flore intestinale humaine en lui appliquant pour la première fois une nouvelle approche appelée métagénomique. Cette technique novatrice permet d'analyser de manière globale l'ensemble des génomes bactériens dominants du milieu intestinal. Ces résultats sont publiés dans le journal « Gut » de février 2006.

Composée de centaines d'espèces bactériennes, la flore intestinale, qui se met en place progressivement lors des premières années de la vie, reste ensuite remarquablement stable, sauf dans certaines maladies. La composition de la flore intestinale est pour sa plus grande part spécifique de l'individu. On estime qu'il y a cent fois plus de gènes microbiens dans notre tube digestif que de gènes humains dans notre corps et 80% des espèces bactériennes de notre microflore restent inconnues à ce jour.

Une nouvelle technologie, la métagénomique, permet aujourd'hui aux chercheurs d'accéder aux génomes de ces bactéries, sans passer par l'étape de leur culture en laboratoire. Ils étudient ainsi dans leur ensemble les séquences génomiques bactériennes représentatives de la microflore et caractérisent les espèces présentes.

Les chercheurs de l'INRA, en collaboration avec des collègues de l'AP-HP, du CNRS, de l'Institut Pasteur, du Genoscope et de la jeune Société Libragen SA, ont utilisé pour la première fois cette approche pour étudier la flore intestinale humaine de patients atteints de la maladie de Crohn en la comparant à celle de sujets sains. La maladie de Crohn est une maladie inflammatoire chronique de l'intestin qui touche en France une population de 60 000 patients (on estime qu'elle touchera 80 à 100 000 personnes dans 10 ans).

Ils ont ainsi construit deux banques "métagénomiques" comprenant chacune 25 000 fragments de génomes de bactéries dominantes de la flore fécale, provenant de 6 sujets sains et 6 patients en phase quiescente de maladie de Crohn.

Ils ont ensuite analysé la diversité microbienne représentée dans ces banques en criblant pour un gène codant l'ARN de la petite sous-unité du ribosome : ce gène (ADNr 16S) est un marqueur de l'évolution qui permet de différencier les espèces bactériennes.

Parmi les catégories bactériennes observées classiquement dans la flore intestinale, il est apparu que l'une d'elles, les Firmicutes, présentait chez les patients 3 fois moins d'espèces bactériennes différentes que chez les sujets sains. Une analyse plus poussée des groupes bactériens dominants chez les 12 donneurs de l'étude a confirmé une réduction significative de la proportion de Firmicutes (appartenant plus précisément au groupe Clostridium leptum) chez les sujets malades.

Cette approche métagénomique appliquée à la caractérisation de la flore fécale a donc révélé chez les sujets malades une réduction de complexité et de populations de bactéries du phylum des Firmicutes comme signature de la maladie de Crohn.

La confirmation épidémiologique de ces observations ouvrira des perspectives de recherches sur les causes de la maladie, le développement d'outils diagnostiques et l'orientation de thérapeutiques d'accompagnement des traitements actuels prenant en compte la composante importante qu'est la flore intestinale.

(Unité de recherche "Écologie et physiologie du système digestif", départements "Microbiologie et chaîne alimentaire" et "Alimentation humaine")

SOURCE : Service Presse INRA

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